Der Hauptflughafen Litauens, der 7 km südlich des Stadtzentrums von Vilnius liegt, bedient vor allem Flüge nach West- und Südeuropa sowie nach Skandinavien. Es gibt keine direkten Langstreckenflüge nach Vilnius.

Da Litauen keine eigene nationale Fluggesellschaft hat, wird der Großteil der Flüge von Wizz Air und Ryanair durchgeführt.

Die lettische Fluggesellschaft Air Baltic betreibt ebenfalls einen ihrer Knotenpunkte in Vilnius, fliegt in Nachbarländer, bietet saisonale Flüge nach Südeuropa an und bedient Strecken zu großen europäischen Flughäfen.

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Bei Reisen nach Litauen kombinieren viele Reisende den Flughafen Vilnius mit dem 100 km entfernten Flughafen Kaunas ( KUN), der von einer großen Anzahl von Ryanair-Flügen angeflogen wird.