Der Flughafen Zakynthos verfügt über ein einziges Terminal, das nur in Ankunfts- und Abflughalle unterteilt ist, die sich beide im Erdgeschoss befinden. Das Terminal ist mit einer Länge von etwa 150 Metern relativ klein, und vom Eingang bis zum Flugzeug sind es nicht mehr als 80 Meter.
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Die Orientierung ist hier sehr einfach und es ist unmöglich, sich zu verlaufen. In der Sommersaison ist der Flughafen jedoch oft überfüllt und man sollte sich auf Warteschlangen an den Check-in-Schaltern und Sicherheitskontrollen einstellen (in manchen Fällen bis zu 45 Minuten).