Der Flughafen, der offiziell nach Nikos Kazantzakis benannt ist, ist der größte auf Kreta. Während der Sommersaison werden hier zahlreiche Charterflüge abgefertigt; den Rest des Jahres wird er hauptsächlich von Flügen aus Athen und anderen griechischen Städten angeflogen.

Auf den ersten Blick wirkt der Flughafen Heraklion eher altmodisch, und seine Einrichtungen sind für den modernen Betrieb nicht mehr wirklich geeignet.

Im Jahr 2017 wurde endgültig beschlossen, einen neuen, modernen Flughafen zu bauen; der Fertigstellungstermin wurde wiederholt verschoben, und derzeit wird mit einer Eröffnung zum Jahreswechsel 2026/2027 gerechnet.

Für Reisen nach Westkreta ist der Flughafen Chania eine sinnvolle Alternative.

Von April bis Oktober wird der Flughafen von vielen Fluggesellschaften aus ganz Europa angeflogen, wobei sowohl Linien- als auch Charterflüge in alle Ecken des Kontinents angeboten werden.

Das umfangreichste Streckennetz ab Heraklion wird von folgenden Fluggesellschaften betrieben:

• Aegean Airlines: ganzjährige Verbindungen mehrmals täglich nach Athen + saisonale Direktflüge im Sommer in ganz Europa
• Sky Express: ganzjährige Verbindungen nach Athen, Thessaloniki und zu anderen griechischen Inseln sowie saisonale Direktflüge in ganz Europa im Sommer
• Jet2.com: die häufigsten Verbindungen in viele britische Städte
• Eurowings: Flüge in viele deutsche Städte
• Volotea: Direktflüge nach Athen, Italien und Frankreich
• TUI: umfangreiche Verbindungen nach Großbritannien, in die Niederlande, nach Belgien und Deutschland
• easyJet: Flüge in mehrere britische Städte, nach Frankreich und in die Schweiz
• Wizz Air: regelmäßige Flüge nach Osteuropa
• Ryanair: im Vergleich zu anderen Anbietern eine relativ begrenzte Anzahl an Flügen, z. B. nach Bergamo, Wien, Berlin oder Brüssel