Chania verfügt über ein einziges, kleines, modern anmutendes Terminal, in dem man sich sehr gut zurechtfindet. Die Wege zu den Flugzeugen sind kurz; während der Sommersaison muss man mit großem Andrang auf relativ engem Raum rechnen.

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Der Check-in für Flüge in den und aus dem Schengen-Raum erfolgt in einer gemeinsamen Halle. Die Passagiere werden erst nach Durchlaufen der gemeinsamen Sicherheitskontrolle getrennt; einige Gates befinden sich hinter der Passkontrolle, andere hingegen nicht.

Sowohl die Abflug- als auch die Ankunftshalle befinden sich im Erdgeschoss.

Der Flughafen ist zwischen der letzten und der ersten Ankunft geschlossen; die Öffnungszeiten sind in der Regel von 4:00 Uhr bis Mitternacht.