Chania verfügt über ein einziges kleineres, modernes Terminal, das sehr leicht zu bedienen ist. Die Entfernungen zu den Flugzeugen sind kurz, in der Sommersaison ist mit größeren Menschenmassen auf einem relativ kleinen Gebiet zu rechnen.
Der Check-in für Flüge in den und aus dem Schengen-Raum erfolgt in einer gemeinsamen Lobby. Die Verteilung erfolgt nach der gemeinsamen Sicherheitskontrolle, wobei sich einige Gates nach der Passkontrolle befinden, andere wiederum nicht.
Die Abflug- und Ankunftshallen befinden sich im Erdgeschoss.
Der Flughafen schließt zwischen der letzten und der ersten Ankunft, normalerweise ist er von 4:00 bis 0:00 Uhr geöffnet.
