FlyLili führte bis Januar 2025 eigene Linienflüge durch, hat sich aber seither ausschließlich auf Flüge für Reisebüros und Reiseveranstalter zu Urlaubszielen am Meer spezialisiert.

Die Fluggesellschaft fliegt vor allem Ziele in der Türkei, Ägypten, Griechenland und Tunesien an und arbeitet mit Reiseveranstaltern in Rumänien, der Tschechischen Republik und Polen zusammen.